برای شروع Application Builder، روی دکمه Application Builder ( ) در نوار ابزار Home کلیک کنید. سپس COMSOL Desktop برای نمایش نوار ابزار برای Application Builder تغییر حالت می دهد (یا در صورتی که کادر گفتگوی استفاده از پنجره جداگانه دسکتاپ برای Application Builder را در صفحه Application Builder در کادر گفتگوی Preferences انتخاب کنید، در یک پنجره دسکتاپ جداگانه باز می شود ). هنگامی که توسعه برنامه خود را به پایان رساندید، می توانید با انتخاب Run Application از منوی File و اشاره به فایل MPH برای برنامه، آن را اجرا کنید. همچنین می توانید برنامه ها را در شعبه پنجره اصلی مرور و اجرا کنید. شکل زیر همچنین نشان می دهد که چگونه می توان به برنامه ها در دسکتاپ COMSOL دسترسی پیدا کرد و اجرا کرد. برای بازگشت از Application Builder به Model Builder، روی Model Builder در نوار ابزار صفحه اصلی Application Builder کلیک کنید ( ).

پنجره Application Builder به طور مشابه با Model Builder با یک درخت برنامه ، منوهای زمینه، نوار ابزار و پنجره های تنظیمات برای هر گره درخت برنامه کار می کند. گره‌های درخت برنامه، فرم‌ها، رویدادها، روش‌ها و سایر بخش‌های برنامه قابل اجرا را نشان می‌دهند. می‌توانید اجزای رابط کاربری گرافیکی (GUI) (اشیاء فرم) را از نوار ابزار نوار متنی Form اضافه کنید و سپس آنها را به صورت تعاملی با استفاده از ابزارهای گرافیکی در Application Builder قرار دهید (به کار با فرم‌ها مراجعه کنید ). همچنین می توانید پیش نمایشی از شکل ظاهری فرم یا کل برنامه در هنگام اجرا مشاهده کنید. Application Builder برای Microsoft Windows® موجود استنصب های سیستم عامل، اما برنامه هایی که با استفاده از Application Builder ایجاد می شوند را می توان در همه سیستم عامل ها مستقر کرد و استفاده کرد، از جمله اجرا در مرورگر وب همراه با سرور COMSOL.