برای افزودن یک گره استدلال برنامه ( )، روی گره ورودی ها ( ) 
کلیک راست کرده و Application Argument را انتخاب کنید یا روی دکمه Application Argument ( ) در نوار ابزار Home کلیک کنید. از یک گره Argument Application برای تعریف یک آرگومان ورودی برای یک برنامه استفاده کنید. می توانید چندین گره Argument Application برای پشتیبانی از چندین آرگومان ورودی به برنامه اضافه کنید. ترتیب مهم نیست زیرا نامی است که برای ترسیم آرگومان های خط فرمان استفاده می شود.
کلیک راست کرده و Application Argument را انتخاب کنید یا روی دکمه Application Argument ( ) در نوار ابزار Home کلیک کنید. از یک گره Argument Application برای تعریف یک آرگومان ورودی برای یک برنامه استفاده کنید. می توانید چندین گره Argument Application برای پشتیبانی از چندین آرگومان ورودی به برنامه اضافه کنید. ترتیب مهم نیست زیرا نامی است که برای ترسیم آرگومان های خط فرمان استفاده می شود.برای تعیین آرگومان‌های خط فرمان هنگام اجرای یک برنامه، نام‌ها را با استفاده از appargname و مقادیر مربوطه را با استفاده از appargvalues مشخص می‌کنید . این نحو ترکیب آرگومان‌های عمومی داخلی را که برای همه برنامه‌ها پشتیبانی می‌شوند و آرگومان‌های سفارشی پشتیبانی شده برای یک برنامه خاص را ممکن می‌سازد. مثال زیر یک خط فرمان را نشان می دهد که در آن رندر روی DirectX تنظیم شده است و عرض و ارتفاع آرگومان های برنامه سفارشی نیز مشخص شده است:
برای تعیین مقادیری که آرایه هستند، همان نحوی که هنگام تعیین مقادیر اولیه برای اعلان‌های مربوطه پشتیبانی می‌شود. یعنی از { و } برای تعیین شروع و پایان آرایه ها یا ردیف ها در آرایه های دو بعدی استفاده کنید و سپس از کاما برای جداسازی مقادیر جداگانه استفاده کنید.
علاوه بر مشخص کردن آرگومان ها به صورت جداگانه در خط فرمان، می توانید آنها را در یک فایل با استفاده از آرگومان -appargsfile نیز مشخص کنید . فرمت فایل باید از نحو فایل ویژگی جاوا مانند مثال زیر استفاده کند:
تنظیم آرگومان ها از یک فایل همچنین می تواند با تنظیم برخی از آرگومان ها به طور صریح از خط فرمان همانطور که در مثال زیر نشان داده شده است ترکیب شود:
اگر یک آرگومان هم در فایل و هم به طور صریح با استفاده از -appargvalues ظاهر شود ، مقدار داده شده با استفاده از -appargvalues مقدار داده شده در فایل را لغو می کند. ارسال مقدار -appargsfile به عنوان یک فایل متنی به جای آرگومان درون خطی زمانی توصیه می شود که آرگومان حاوی کاراکترهای خاصی مانند کاراکترهای بک اسلش در مسیر فایل باشد.
برای استفاده از چندین فایل با مقادیر، از پارامترهای خط فرمان -appargvarlist و -appargfilelist استفاده کنید. می توانید از آنها به روشی مشابه به عنوان -appargname و -appargvalues استفاده کنید. تنها تفاوت این است که -appargfilelist لیستی از فایل ها است که با کاما از هم جدا شده اند. در این حالت، فایل فقط حاوی مقادیر است و برای تخصیص مقادیر به آن نیازی به نام پارامتر ورودی ندارد. این رویکرد این مزیت را دارد که فایل های صادر شده در قالب صفحه گسترده از COMSOL Multiphysics می توانند مستقیماً به عنوان ورودی ارسال شوند. خط فرمان زیر نمونه ای از این را نشان می دهد:
comsol -run myapp.mph -appargvarlist temperature,voltage -appargfilelist
<path to file with temperature data> , <path to file with voltage data>
<path to file with temperature data> , <path to file with voltage data>
آرگومان های خط فرمان برای برنامه ها همچنین می توانند از یک اعلان فایل به عنوان هدف استفاده کنند. مقدار آرگومان باید یک فایل در سیستم فایل مشتری باشد. به عنوان مثال، یک برنامه file_argument.mph را در نظر بگیرید که دارای یک آرگومان interpfile است که به یک file declaration file اشاره می کند . چنین برنامه‌ای می‌تواند شامل یک تابع درون‌یابی باشد که از آپلود فایل:///file1 استفاده می‌کند. سپس می توانید برنامه را با استفاده از آرگومان های خط فرمان زیر، با استفاده از یک فایل متنی به نام simpleinterp.txt در سیستم فایل محلی، شروع کنید:
comsol.exe -run file_arguments.mph -appargnames interpfile -appargvalues ’C:\data\functions\simpleinterp.txt’
این بخش شامل یک درخت با نمای فیلتر شده درختان در پنجره Application Builder است. گره ها یا نوعی از داده ها را نشان می دهند یا فرزندانی دارند که این کار را انجام می دهند. برای یک Application Argument، درخت شامل تمام اعلان‌های برنامه است (یعنی همه اعلان‌های اولیه مانند نوع داده‌های Boolean، integer، double و string scalar و array). مقدار آرگومان خط فرمان با نام داده شده در اعلانی که انتخاب می کنید ختم می شود. داده های ورودی نیز به طور خودکار به نوع داده اعلامیه تبدیل می شوند. اگر تبدیل ناموفق باشد، خطایی رخ خواهد داد، مثلاً اگر کاربر برنامه 3.7 را به عنوان مقدار آرگومان خط فرمان که در آن یک عدد صحیح مورد انتظار است، مشخص کند. وقتی گره‌ای را انتخاب می‌کنید که نشان‌دهنده داده است، استفاده به عنوان منبع را انتخاب کنیددکمه نوار ابزار زیر درخت فعال می شود. می‌توانید روی آن کلیک کنید یا، Enter را فشار دهید، دوبار کلیک کنید، یا روی گره راست کلیک کنید و Use as Source را انتخاب کنید تا آن را به عنوان منبع انتخابی اضافه کنید. همچنین می توانید روی دکمه Create New Declaration and Use It as Source ( 
) در سربرگ بخش Source کلیک کنید تا یک اعلان متغیر جدید برای آرگومان برنامه ایجاد کنید و از آن به عنوان منبع استفاده کنید. یک کادر محاوره ای Create and Use Declaration باز می شود، به طوری که می توانید نوع داده منبع (در صورت وجود) و نام و مقدار اولیه آن را انتخاب کنید. نام نمی تواند با هیچ اعلان متغیر موجود در تضاد باشد. روی دکمه نوار ابزار ویرایش گره کلیک کنید (
) زیر درخت برای انتقال به گره مربوطه.
) در سربرگ بخش Source کلیک کنید تا یک اعلان متغیر جدید برای آرگومان برنامه ایجاد کنید و از آن به عنوان منبع استفاده کنید. یک کادر محاوره ای Create and Use Declaration باز می شود، به طوری که می توانید نوع داده منبع (در صورت وجود) و نام و مقدار اولیه آن را انتخاب کنید. نام نمی تواند با هیچ اعلان متغیر موجود در تضاد باشد. روی دکمه نوار ابزار ویرایش گره کلیک کنید () زیر درخت برای انتقال به گره مربوطه.پس از انتخاب یک گره به عنوان منبع، گره به عنوان منبع انتخاب شده در زیر منبع انتخاب شده ظاهر می شود .
