در Application Builder، کد سفارشی با گره Method نشان داده می شود. برای نوشتن کد، ابتدا باید یک گره متد ایجاد کنید. برای ایجاد گره روش ، روی دکمه New Method ( 
) در نوار ابزار نواری کلیک کنید یا روی گره Methods
( ) در پنجره Application Builder کلیک راست کرده و New Method را انتخاب کنید .
) در نوار ابزار نواری کلیک کنید یا روی گره Methods ( ) در پنجره Application Builder کلیک راست کرده و New Method را انتخاب کنید .گره روش جدید در زیر گره Methods در درخت Application Builder ظاهر می شود و حاوی یک متد کاربردی است . چنین متدهایی در سطح جهانی برای استفاده در تمام متدهای کاربردی و اشیاء فرم در دسترس هستند. همچنین امکان ایجاد متدهای محلی در برخی از اشیاء فرم در یک فرم وجود دارد. متدهای محلی خارج از اشیایی که در آن تعریف شده اند قابل دسترسی یا قابل مشاهده نیستند. از روش های محلی در فرم ها برای روش هایی که درون آن فرم هستند استفاده کنید. این روش‌های محلی به رویدادها در اشیاء فرم متصل می‌شوند، مانند زمانی که تنظیمات (داده‌ها) برای یک چک باکس تغییر می‌کند. روش _گره برای ارجاع به متد از دنباله دستور یا رویداد یک شی فرم استفاده می شود. برای استفاده با یک مدل در Model Builder، همچنین می‌توانید گره‌های Model Method را برای روش‌های مدل ایجاد کنید، که مانند روش‌های کاربردی کار می‌کنند، اما برای اجرا در Model Builder برای گسترش یا سفارشی کردن بخشی از یک مدل COMSOL Multiphysics استفاده می‌شوند.
یک گره متد حاوی کد COMSOL Multiphysics® و کد Java® است که می‌توانید با دوبار کلیک کردن روی آن در پنجره Application Builder یا با کلیک راست و انتخاب Edit آن را بررسی و ویرایش کنید. هنگامی که یک روش باز می شود، در یک پنجره ویرایشگر روش ظاهر می شود.
تغییرات ایجاد شده در کد در یک تب ویرایشگر در مدل Application Builder هنگام بستن برگه یا پس از کامپایل کد ذخیره می شود. برای کامپایل و بررسی نحو کد، روی دکمه Check Syntax ( 
) در نوار ابزار نوار کلیک کنید (یا F9 را فشار دهید).
) در نوار ابزار نوار کلیک کنید (یا F9 را فشار دهید).کد یک کلاس جاوا ApplicationMethod را تعریف می کند. این کلاس متدی به نام execute دارد که توالی دستورات زمانی که برنامه آن را اجرا می کند آن را فراخوانی می کند. یک مورد معمول استفاده این است که یک گره Method ایجاد می‌کنید، مقداری کد را در روش اجرا می‌نویسید و این کد را به دنباله دستوری پیوند می‌دهید که یک شی فرم در رابط کاربری برنامه می‌تواند راه‌اندازی کند. روش هایی که بر وضعیت اشیاء شکل تأثیر می گذارند بلافاصله اعمال می شوند.
تنظیم پیش فرض این است که فقط کدهای موجود در روش اجرا را نمایش دهد . برای نمایش همه کدها، چک باکس View all code را فعال کنید، که یک تنظیمات ترجیحی در صفحه Methods در زیر Application Builder در کادر گفتگوی Preferences است. زمانی که View all code فعال است، می‌توانید برای مثال عبارت‌های import اضافه کنید. دستورات Import برای قابل مشاهده کردن یک کلاس یا یک بسته کامل (مانند import java.time.*;) در یک متد مفید هستند. با استفاده از دستورهای import، مجبور نیستید کل تعریف کلاس را بنویسید و بنابراین خوانایی برنامه را بهبود می بخشد.
