 |
رهاسازی دارو از ماتریس بیومتریال
معرفی
ماتریس های بیومتریال برای رهاسازی دارو برای بازسازی بافت در داخل بدن مفید هستند . مثال زیر رهاسازی یک دارو از ماتریکس بیومتریال در بافت سلولی آسیب دیده را توصیف می کند. به طور خاص، یک راهنمای عصبی یک داروی بازسازی کننده را به انتهای عصب آسیب دیده تحویل می دهد.
این مدل سینتیک های دقیق رهاسازی دارو را با عبارات نرخ کنترل واکنش های تجزیه/تداعی دارو و همچنین تخریب ماتریکس توسط کاتالیز آنزیم بررسی می کند. واکنش آنزیمی توسط سینتیک Michaelis-Menten توصیف شده است. این مدل بررسی پارامترهای طراحی حاکم بر نرخ رهاسازی دارو مانند میل ترکیبی دارو به ماده زیستی، تخریب مواد زیستی، بارگذاری دارو، و تأثیر هندسه و ترکیب ماتریس مواد زیستی را ممکن می‌سازد.
تعریف مدل
مدل از دو بخش تشکیل شده است. یک قسمت از نوع راکتور دسته ای در رابط مهندسی واکنش برای مشخص کردن سیستم واکنش دهنده در یک محیط کاملاً مخلوط استفاده می کند، یعنی هیچ وابستگی به فضا فرض نمی شود. هدف از این بخش بررسی سینتیک واکنش است. بخش دوم شامل یک جزء وابسته به فضا است که از رابط مهندسی واکنش تولید می شود. از حمل و نقل گونه های رقیق شده در رابط کاتالیست های متخلخل استفاده می کند و برای بررسی انتقال دارو از ماده زیستی به منطقه ای با انتهای عصب آسیب دیده استفاده می کند.
شکل 1 هندسه کامل سه بعدی و همچنین حوزه مدلسازی دوبعدی را نشان می دهد که با تقارن محوری و صفحه آینه ای برای مدل وابسته به فضا کاهش می یابد. فرض بر این است که بیومتریال نگهدارنده دارو دارای شکل کاملاً استوانه ای است. سه حوزه متمایز (دامنه) عبارتند از:
• | بافت سلول عصبی |
• | بیومتریال متخلخل |
• | محیط اطراف |
شکل 1: هندسه کامل سه بعدی (سمت چپ) و حوزه های مدل سازی معادل با تقارن محوری (راست) به 2 بعدی کاهش یافته است. این مناطق عبارتند از: بافت سلول عصبی، ماتریکس بیومتریال و محیط اطراف.
در ماده زیستی، یک مولکول دارو، d، به یک پپتید، p متصل می شود، که به نوبه خود به ماتریکس، m لنگر می زند . گونه‌های متصل به ماتریکس به ترتیب mpd و mp برچسب‌گذاری می‌شوند، که دومی به گونه‌ای اشاره دارد که هیچ دارویی به پپتید متصل نیست. گونه‌های mpd و mp به‌عنوان گونه‌های سطحی متصل به سطح ماتریس مدلسازی می‌شوند و فقط در بیومتریال وجود دارند.
دو مکانیسم دارو را از ماتریکس آزاد می کند. اول، دارو می تواند به سادگی از سایت ماتریکس mp جدا شود. دوم، تجزیه ماتریکس توسط یک آنزیم، e، که از دامنه بافت سلولی منشا می گیرد، منجر به آزاد شدن گونه پپتید دارو، pd می شود، که دارو متعاقباً از آن جدا می شود. گونه های غیر محدود p، d، pd، و e گونه های توده ای آزاد هستند و در کل هندسه مدل وجود دارند. شکل 2 طرح واکنش کامل را نشان می دهد.
شکل 2: طرح واکنشی که واکنش‌های تفکیک/همبستگی دارو (افقی) و واکنش‌های تخریب ماتریس (عمودی) را توصیف می‌کند.
موازنه جرم وابسته به زمان در هر گونه توسط شرح داده شده است
(1)
که در آن D ik (واحد SI: m2 / s) ضریب انتشار برای گونه i در محیط مربوطه k است . در سمت راست Rik (واحد SI: mol/(m3 · s)) بیان نرخ واکنش‌های حجمی است که فقط شامل گونه‌های توده‌ای از گونه‌های i در حوزه k است . عبارت دوم در سمت راست ناشی از واکنش‌های سطحی شامل گونه‌های متصل به ماتریس (mpd و mp) در ماده زیستی است. Rs ,i سرعت واکنش سطحی (واحد SI: mol/(m2 · s)) و S sa استسطح ویژه بیومتریال (واحد SI: 1/m).
در بیومتریال (شاخص k = 2)، تمام واکنش های شرح داده شده در شکل 2 امکان پذیر است که منجر به عبارات سرعت زیر می شود:
اصطلاحات نرخ R MMmp و R MMmpd به سینتیک Michaelis-Menten اشاره دارد که تجزیه ماتریکس را کاتالیز می کند:
با
R MMmp ناپدید شدن سایت های mp و تولید گونه های p را توصیف می کند. R MMmpd ناپدید شدن سایت های mpd و تولید گونه های pd را توصیف می کند. V max حداکثر نرخ و K M ثابت Michaelis-Menten است. در ناحیه سلول (شاخص k = 1) و در محیط اطراف (شاخص k = 3) فقط واکنش های تجزیه/تداعی رخ می دهد که منجر به عبارات نرخ می شود.
شرط مرزی تقارن محوری در امتداد محور چرخشی و عایق/تقارن در جاهای دیگر است. مقادیر ضرایب انتشار و ثابت‌های سرعت از ادبیات موجود می‌آیند ( مرجع 1 ).
نتایج و بحث
شکل 3 غلظت گذرای گونه های واکنش دهنده را در یک سیستم کاملاً مخلوط (مستقل از فضا) نشان می دهد.
شکل 3: غلظت همه گونه های واکنش دهنده (mol/m3 ) به عنوان تابعی از زمان (s).
اثر تخریب آنزیم به وضوح قابل مشاهده است، با گونه های پپتید متصل به ماتریس (mp و mpd) کاهش می یابد و گونه های پپتید آزاد (p و pd) با زمان افزایش می یابد. ماتریس پس از تقریباً 5000 ثانیه کاملاً تخریب می شود. از آنجایی که دارو و گونه پپتید دارای سینتیک ارتباط/تفکیک یکسانی هستند، مهم نیست که پپتید آزاد یا متصل به ماتریس باشد، غلظت حالت پایدار دارو در طول فرآیند تخریب ثابت است.
حل توازن جرم وابسته به فضا در رابطه 1 منجر به توزیع غلظت همه گونه های شرکت کننده به عنوان تابعی از زمان می شود. شکل 4 غلظت تمام گونه های توده را نشان می دهد.
شکل 4: غلظت گونه های توده پس از 1.5 ساعت.
همانطور که قبلا ذکر شد، آنزیم از بافت سلول عصبی منشا می گیرد. از شکل 5 ، که در آن آزادسازی کل دارو نشان داده شده است، واضح است که تخریب ماتریکس یک اثر هدایت کننده بر رهایش دارو به سمت ناحیه سلول آسیب دیده دارد.
شکل 5: پروفایل های غلظتی که غلظت کل دارو ( cd + c pd ) را در سراسر حوزه مدل سازی توصیف می کند.
شکل 6 تخریب ماتریس زیست مواد را به تصویر می کشد. غلظت کل محل ماتریس رسم شده ( cm p + c mpd ) نشان می دهد که چگونه جبهه تخریب از طریق هندسه بیومتریال عبور می کند .
شکل 6: پروفایل های غلظتی که غلظت کل سایت ماتریس را توصیف می کند ( cmp + c mpd ) .
شکل 7 نشان می دهد که چگونه توزیع دارو در حوزه های مختلف در طول شبیه سازی متفاوت است. می توان اشاره کرد که سطح دارو در بیومتریال پس از حدود 5 ساعت به حداکثر می رسد. همین امر در مورد سطح دارو در عصب نیز صادق است.
شکل 7: توزیع دارو بین حوزه های مختلف.
شرح دقیق واکنش/حمل و نقل در این مدل امکان بررسی بسیاری از پارامترهای طراحی مرتبط با مهندسی زیستی را فراهم می کند. این مورد اثر تخریب ماتریس را بر انتشار دارو به عنوان تابعی از زمان و هندسه نشان می‌دهد. علاوه بر این، مطالعه تأثیر میل ترکیبی دارو/پپتید با تغییر ثابت‌های سرعت kf1 و kr1 یا تأثیر بارگذاری دارو با تغییر نسبت cmp : c mpd ساده است . توانایی بررسی هندسه‌های جایگزین و حوزه‌های ترکیبی بیومتریال انعطاف‌پذیری بیشتری در طراحی می‌دهد.
ارجاع
1. DJ Maxwell، BC Hicks، S. Parsons، و SE Sakiyama-Elbert، “توسعه سیستم های دارورسانی مبتنی بر میل ترکیبی با طراحی منطقی”، Acta Biomat. ، جلد 1، نه 1، صفحات 101-113، 2005.
مسیر کتابخانه برنامه: ماژول_مهندسی_واکنش_شیمیایی/رآکتورهای_با_انتقال_انبوه/رهاسازی_دارو
دستورالعمل های مدل سازی
از منوی File ، New را انتخاب کنید .
جدید
در پنجره جدید ، روی 
Model Wizard کلیک کنید .
Model Wizard کلیک کنید .مدل جادوگر
1 | در پنجره Model Wizard روی  0D کلیک کنید . |
2 | در درخت Select Physics ، Chemical Species Transport>Reaction Engineering (re) را انتخاب کنید . |
3 | روی افزودن کلیک کنید . |
4 |  روی مطالعه کلیک کنید . |
5 | در درخت انتخاب مطالعه ، General Studies>Time Dependent را انتخاب کنید . |
6 |  روی Done کلیک کنید . |
مهندسی واکنش (دوباره)
پارامترهای جهانی را از یک فایل متنی بخوانید.
تعاریف جهانی
پارامترهای 1
1 | در پنجره Model Builder ، در قسمت Global Definitions روی Parameters 1 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای پارامترها ، بخش پارامترها را پیدا کنید . |
3 |  روی Load from File کلیک کنید . |
4 | به پوشه Application Libraries مدل بروید و روی فایل drug_release_parameters.txt دوبار کلیک کنید . |
مهندسی واکنش (دوباره)
ابتدا، رفتار واکنش رهاسازی دارو از ماتریس مواد زیستی را با در نظر گرفتن مواد به عنوان یک راکتور ناپیوسته کاملاً مخلوط، مدل کنید.
1 | در پنجره Model Builder ، در قسمت Component 1 (comp1) روی Reaction Engineering (re) کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Reaction Engineering ، قسمت Mixture Properties را پیدا کنید . |
3 | از لیست فاز ، مایع را انتخاب کنید . |
واکنش 1
1 | در نوار ابزار Reaction Engineering ، روی  Reaction کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Reaction ، بخش Reaction Formula را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن فرمول ، d+mp(ads)=>mpd(ads) را تایپ کنید . |
4 | روی Apply کلیک کنید . |
5 | از لیست نوع واکنش ، برگشت پذیر را انتخاب کنید . |
6 | قسمت Rate Constants را پیدا کنید . در قسمت متن k f ، kf_d را تایپ کنید . |
7 | در قسمت متن k r ، kr_d را تایپ کنید . |
واکنش 2
1 | در نوار ابزار Reaction Engineering ، روی  Reaction کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Reaction ، بخش Reaction Formula را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن فرمول ، d+p<=>pd را تایپ کنید . |
4 | روی Apply کلیک کنید . |
5 | قسمت Rate Constants را پیدا کنید . در قسمت متن k f ، kf_d را تایپ کنید . |
6 | در قسمت متن k r ، kr_d را تایپ کنید . |
واکنش 3
1 | در نوار ابزار Reaction Engineering ، روی  Reaction کلیک کنید . |
واکنش‌هایی را اضافه کنید که تجزیه ماتریکس کاتالیزور آنزیم را توصیف می‌کنند. سایت های mp و mpd در حالی که گونه های p و d رایگان تولید می کنند مصرف می شوند.
2 | در پنجره تنظیمات برای Reaction ، بخش Reaction Formula را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن فرمول ، mp(ads)+e=>p+e را تایپ کنید . |
4 | روی Apply کلیک کنید . |
5 | قسمت Reaction Rate را پیدا کنید . از لیست، User defined را انتخاب کنید . |
6 | در قسمت متن r j ، kf_mm*re.c_e*re.csurf_mp_surf/(Km+re.csurf_mp_surf*Ssa) را تایپ کنید . |
واکنش 4
1 | در نوار ابزار Reaction Engineering ، روی  Reaction کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Reaction ، بخش Reaction Formula را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن فرمول ، mpd(ads)+e=>pd+e را تایپ کنید . |
4 | روی Apply کلیک کنید . |
5 | قسمت Reaction Rate را پیدا کنید . از لیست، User defined را انتخاب کنید . |
6 | در قسمت متن r j ، kf_mm*re.c_e*re.csurf_mpd_surf/(Km+re.csurf_mpd_surf*Ssa) را تایپ کنید . |
گونه 1
1 | در نوار ابزار Reaction Engineering ، روی  Species کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گونه ها ، قسمت نام را بیابید . |
3 | در قسمت متن، h2o را تایپ کنید . |
4 | قسمت Type را پیدا کنید . از لیست، حلال را انتخاب کنید . |
5 | در پنجره Model Builder ، روی Reaction Engineering (re) کلیک کنید . |
6 | در پنجره تنظیمات برای مهندسی واکنش ، بخش Reactor را پیدا کنید . |
7 | زیربخش ناحیه واکنش سطحی را پیدا کنید . روی دکمه نسبت سطح به حجم کلیک کنید . |
8 | در قسمت متن a s ، Ssa را تایپ کنید . |
مقادیر اولیه 1
1 | در پنجره Model Builder ، روی مقادیر اولیه 1 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات مقادیر اولیه ، قسمت مقادیر اولیه گونه های حجمی را پیدا کنید . |
3 | در جدول تنظیمات زیر را وارد کنید: |
گونه ها | غلظت (MOL/M^3) |
ه | what_init |
h2o | c_solv |
4 | قسمت Surface Species Initial Values را پیدا کنید . در جدول تنظیمات زیر را وارد کنید: |
گونه ها | غلظت سطحی (MOL/M^2) | شماره اشغال سایت (1) |
mp(تبلیغات) | cmp_init | 1 |
mpd (تبلیغات) | cmpd_heat | 1 |
5 | در قسمت متن Γ s ، (cmp_init+cmpd_init) را تایپ کنید . |
مطالعه 1
مرحله 1: وابسته به زمان
1 | در پنجره Model Builder ، در بخش مطالعه 1 ، روی Step 1: Time Dependent کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات مربوط به زمان وابسته ، قسمت تنظیمات مطالعه را پیدا کنید . |
3 | از لیست واحد زمان ، h را انتخاب کنید . |
4 | در قسمت متن زمان خروجی ، range(0,0.1,16) را تایپ کنید . |
5 | در نوار ابزار صفحه اصلی ،  روی محاسبه کلیک کنید . |
نتایج
غلظت مواد زیستی، مدل 0D
این مراحل را برای ایجاد شکل 3 دنبال کنید .
1 | در پنجره Settings for 1D Plot Group ، Biomaterial Concentrations, 0D model را در قسمت نوشتار Label تایپ کنید . |
2 |  روی دکمه x-Axis Log Scale در نوار ابزار Graphics کلیک کنید . |
جهانی 1
1 | در پنجره Model Builder ، Biomaterial Concentrations، گره مدل 0D را گسترش دهید ، سپس روی Global 1 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای جهانی ، بخش y-Axis Data را پیدا کنید . |
3 | در جدول تنظیمات زیر را وارد کنید: |
اصطلاح | واحد | شرح |
re.csurf_mp_surf*Ssa | mol/m^3 | |
re.csurf_mpd_surf*Ssa | mol/m^3 |
4 | قسمت x-Axis Data را پیدا کنید . از لیست واحد ، s را انتخاب کنید . |
5 | برای گسترش بخش Coloring and Style کلیک کنید . از لیست Width ، 2 را انتخاب کنید . |
6 | در نوار ابزار Biomaterial Concentrations، مدل 0D ، روی  Plot کلیک کنید . |
7 | برای گسترش بخش Legends کلیک کنید . از فهرست Legends ، Manual را انتخاب کنید . |
8 | در جدول تنظیمات زیر را وارد کنید: |
افسانه ها |
دارو |
پپتید متصل به ماتریس |
پپتید دارویی متصل به ماتریکس |
پپتید |
دارو پپتید |
آنزیم |
9 | در نوار ابزار Biomaterial Concentrations، مدل 0D ، روی  Plot کلیک کنید . |
10 |  روی دکمه Zoom Extents در نوار ابزار Graphics کلیک کنید . |
غلظت مواد زیستی، مدل 0D
1 | در پنجره Model Builder ، روی Biomaterial Concentrations, 0D model کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گروه طرح 1 بعدی ، برای گسترش بخش عنوان کلیک کنید . |
3 | از لیست نوع عنوان ، هیچکدام را انتخاب کنید . |
4 | قسمت Plot Settings را پیدا کنید . |
5 | کادر بررسی برچسب محور y را انتخاب کنید . در قسمت متن مرتبط، Concentration (mol/m<sup>3</sup>) را تایپ کنید . |
6 | قسمت Legend را پیدا کنید . از لیست موقعیت ، وسط سمت چپ را انتخاب کنید . |
راه اندازی مدل وابسته به فضا را با صادرات تنظیمات رابط مهندسی واکنش با ویژگی Generate Space-Dependent Model شروع کنید .
مهندسی واکنش (دوباره)
مدل 1 وابسته به فضا را ایجاد کنید
1 | در نوار ابزار Reaction Engineering ، روی  Generate Space-Dependent Model کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Generate Space-Dependent Model ، قسمت Component Settings را پیدا کنید . |
3 | از لیست Component to use ، 2Daxi: New را انتخاب کنید . |
4 | قسمت Physics Interfaces را پیدا کنید . زیربخش حمل و نقل گونه های شیمیایی را پیدا کنید . از لیست، گزینه Transport of Diluted Species in Porous Catalysts: New را انتخاب کنید . |
5 | قسمت Study Type را پیدا کنید . از لیست نوع مطالعه ، وابسته به زمان را انتخاب کنید . |
6 | بخش Space-Dependent Model Generation را پیدا کنید . روی Create/Refresh کلیک کنید . |
جزء 2 (COMP2)
در پنجره Model Builder ، گره Component 2 (comp2) را گسترش دهید .
هندسه 1 (2DAXI)
1 | در پنجره Model Builder ، گره Component 2 (comp2)>Geometry 1 (2Daxi) را گسترش دهید ، سپس روی Geometry 1 (2Daxi) کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات هندسه ، بخش Units را پیدا کنید . |
3 | از لیست واحد طول ، میلی متر را انتخاب کنید . |
مستطیل 1 (r1)
1 | در نوار ابزار Geometry ، روی  Rectangle کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Rectangle ، بخش Size and Shape را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن Width عدد 6 را تایپ کنید . |
4 | در قسمت متن ارتفاع ، 9 را تایپ کنید . |
مستطیل 2 (r2)
1 | روی Rectangle 1 (r1) کلیک راست کرده و Duplicate را انتخاب کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Rectangle ، بخش Size and Shape را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن Width ، 1 را تایپ کنید . |
مستطیل 3 (r3)
1 | روی Rectangle 2 (r2) کلیک راست کرده و Duplicate را انتخاب کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Rectangle ، بخش Size and Shape را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن Width ، 2 را تایپ کنید . |
4 | در قسمت متن ارتفاع ، 6 را تایپ کنید . |
5 | قسمت Position را پیدا کنید . در قسمت متن r ، 1 را تایپ کنید . |
6 |  روی Build All Objects کلیک کنید . |
شیمی 1 (شیمی)
تطبیق گونه‌ها برای تخصیص متغیرهای غلظت به گونه‌ها در رابط Chemistry استفاده می‌شود . گونه های حل شده توسط ویژگی کاتالیست متخلخل (گونه های حجیم و گونه های سطحی) قبلاً توسط گره مدل وابسته به فضا ایجاد شده است . این را می توان با انتخاب گره Chemistry 1 و بررسی بخش تطبیق گونه ها تأیید کرد .
توده های مولی را هم تعریف کنید. این موارد باعث می شود که بتوان چندین ویژگی حمل و نقل را خارج از محدوده این مثال محاسبه کرد.
گونه: د
1 | در پنجره Model Builder ، گره Component 2 (comp2)> Chemistry 1 (chem) را گسترش دهید ، سپس روی Species: d کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گونه ها ، بخش فرمول شیمیایی را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن M ، Mnd را تایپ کنید . |
گونه های سطحی: mp(تبلیغات)
1 | در پنجره Model Builder ، روی Surface species: mp(ads) کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گونه ها ، بخش فرمول شیمیایی را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن M ، Mnp را تایپ کنید . |
گونه های سطحی: mpd (تبلیغات)
1 | در پنجره Model Builder ، روی Surface species: mpd(ads) کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گونه ها ، بخش فرمول شیمیایی را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن M ، Mnpd را تایپ کنید . |
گونه: p
1 | در پنجره Model Builder ، روی Species: p کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گونه ها ، بخش فرمول شیمیایی را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن M ، Mnp را تایپ کنید . |
گونه: pd
1 | در پنجره Model Builder ، روی Species: pd کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گونه ها ، بخش فرمول شیمیایی را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن M ، Mnpd را تایپ کنید . |
گونه: e
1 | در پنجره Model Builder ، روی Species: e کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گونه ها ، بخش فرمول شیمیایی را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن M ، Mne را تایپ کنید . |
گونه: h2o
1 | در پنجره Model Builder ، روی Species: h2o کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گونه ها ، بخش فرمول شیمیایی را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن M ، Mnh2o را تایپ کنید . |
حمل و نقل گونه های رقیق شده در کاتالیزورهای متخلخل (TDS)
1 | در پنجره Model Builder ، گره Component 2 (comp2)>Transport of Diluted Species in Porous Catalysts (tds) را گسترش دهید ، سپس روی Transport of Diluted Species in Porous Catalysts (tds) کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای حمل و نقل گونه های رقیق شده در کاتالیست های متخلخل ، بخش مکانیسم های حمل و نقل را پیدا کنید. |
3 | چک باکس Convection را پاک کنید . |
کاتالیست متخلخل – بیومتریال
در این مدل از جذب با استفاده از ایزوترم ها استفاده نخواهد شد. Adsorption/Desorption را غیرفعال کنید.
1 | در پنجره Model Builder ، در قسمت Component 2 (comp2)>Transport of Diluted Species in Porous Catalysts (tds) روی Porous Catalyst 1 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Catalyst متخلخل ، بخش Adsorbed Species را پیدا کنید . |
3 | کادر بررسی جذب/ دفع گونه های فله را پاک کنید . |
4 | برای جمع کردن بخش Adsorbed Species کلیک کنید . قسمت Surface Species را پیدا کنید . در جدول تنظیمات زیر را وارد کنید: |
گونه های سطحی | مقادیر اولیه (MOL/M^2) |
mp | cmp_init |
mpd | cmpd_heat |
5 | در قسمت نوشتار Label ، Porous Catalyst – Biomaterial را تایپ کنید . |
به تنظیم خواص انتقال جرم در ماتریس زیست مواد در رابط حمل و نقل گونه های رقیق شده ادامه دهید .
مایع 1
1 | در پنجره Model Builder ، گره Porous Catalyst – Biomaterial را گسترش دهید ، سپس روی Fluid 1 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Fluid ، بخش Diffusion را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن D cd ، Dd را تایپ کنید . |
4 | در قسمت متن D ce ، De را تایپ کنید . |
5 | در قسمت متن D cp ، Dp را تایپ کنید . |
6 | در قسمت متنی D cpd ، Dpd را تایپ کنید . |
7 | از لیست مدل نفوذ موثر ، بدون اصلاح را انتخاب کنید . |
ماتریس متخلخل 1
1 | در پنجره Model Builder ، روی Porous Matrix 1 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای ماتریس متخلخل ، بخش ویژگی های ماتریس را پیدا کنید . |
3 | از لیست ε p ، User defined را انتخاب کنید . در قسمت متن مرتبط، epsBio را تایپ کنید . |
خواص حمل و نقل – اطراف
1 | در نوار ابزار Physics ، روی  Domains کلیک کنید و گزینه Transport Properties را انتخاب کنید . |
2 | فقط دامنه 3 را انتخاب کنید. |
3 | در پنجره تنظیمات برای ویژگی های حمل و نقل ، ویژگی های Transport – Surroundings را در قسمت نوشتار Label تایپ کنید . |
4 | قسمت Diffusion را پیدا کنید . در قسمت متن D cd ، Dd_s را تایپ کنید . |
5 | در قسمت متن D ce ، De_s را تایپ کنید . |
6 | در قسمت متنی D cp ، Dp_s را تایپ کنید . |
7 | در قسمت متنی D cpd ، Dpd_s را تایپ کنید . |
خواص حمل و نقل – عصب
1 | روی Transport Properties – Surroundings کلیک راست کرده و Duplicate را انتخاب کنید . |
2 | فقط دامنه 1 را انتخاب کنید. |
3 | در پنجره تنظیمات برای ویژگی های حمل و نقل ، ویژگی های Transport – Nerve را در قسمت متن برچسب تایپ کنید . |
4 | قسمت Diffusion را پیدا کنید . در قسمت متن D cd ، Dd_n را تایپ کنید . |
5 | در قسمت متن D ce ، De_n را تایپ کنید . |
6 | در قسمت متنی D cp ، Dp_n را تایپ کنید . |
7 | در قسمت متنی D cpd ، Dpd_n را تایپ کنید . |
واکنش ها 1
1 | در نوار ابزار Physics ، روی  Domains کلیک کنید و Reactions را انتخاب کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای واکنش‌ها ، بخش نرخ‌های واکنش را پیدا کنید . |
3 | از لیست R cd ، نرخ واکنش را برای گونه d (شیمی) انتخاب کنید . |
4 | از لیست Rce ، نرخ واکنش برای گونه e (شیمی) را انتخاب کنید . |
5 | از لیست R cp ، نرخ واکنش برای گونه p (شیمی) را انتخاب کنید . |
6 | از لیست R cpd ، نرخ واکنش برای گونه pd (شیمی) را انتخاب کنید . |
7 | قسمت انتخاب دامنه را پیدا کنید . از لیست انتخاب ، همه دامنه ها را انتخاب کنید . |
مقادیر اولیه 2
1 | در نوار ابزار Physics ، روی  Domains کلیک کنید و مقادیر اولیه را انتخاب کنید . |
2 | فقط دامنه های 2 و 3 را انتخاب کنید. |
مش 1
مش را تنظیم کنید. مش را در واسط‌هایی که انواع دامنه‌های مختلف با هم ملاقات می‌کنند، اصلاح کنید. با توجه به شرایط اولیه، شیب های تیز در اینجا در شروع شبیه سازی ایجاد می شود.
1 | در پنجره Model Builder ، در قسمت Component 2 (comp2) روی Mesh 1 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات مش ، بخش Sequence Type را پیدا کنید . |
3 | از لیست، مش کنترل شده توسط کاربر را انتخاب کنید . |
اندازه
1 | در پنجره Model Builder ، در قسمت Component 2 (comp2)>Mesh 1 روی Size کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای اندازه ، قسمت اندازه عنصر را پیدا کنید . |
3 | از فهرست Calibrate for ، Fluid dynamics را انتخاب کنید . |
4 | از لیست Predefined ، Fine را انتخاب کنید . |
5 |  روی Build Selected کلیک کنید . |
سایز 1
1 | در پنجره Model Builder ، روی Mesh 1 کلیک راست کرده و Size را انتخاب کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای اندازه ، قسمت انتخاب موجودیت هندسی را پیدا کنید . |
3 | از لیست سطح نهاد هندسی ، Boundary را انتخاب کنید . |
4 | فقط مرزهای 4، 7 و 9 را انتخاب کنید. |
5 | بخش اندازه عنصر را پیدا کنید . روی دکمه Custom کلیک کنید . |
6 | قسمت پارامترهای اندازه عنصر را پیدا کنید . |
7 | کادر انتخاب حداکثر اندازه عنصر را انتخاب کنید . در قسمت متن مرتبط، 0.1 را تایپ کنید . |
مثلثی رایگان 1
در پنجره Model Builder ، روی Free Triangular 1 کلیک راست کرده و Build Selected را انتخاب کنید .
لایه های مرزی 1
در نوار ابزار Mesh ، روی Boundary Layers کلیک کنید .
Boundary Layers کلیک کنید .ویژگی های لایه مرزی
1 | در پنجره Model Builder ، روی Boundary Layer Properties کلیک کنید . |
2 | فقط مرزهای 4، 6، 7 و 9 را انتخاب کنید. |
3 | در پنجره تنظیمات برای ویژگی های لایه مرزی ، روی ساختن همه کلیک کنید .  |
مطالعه 2
مرحله 1: وابسته به زمان
1 | در پنجره Model Builder ، گره Study 2 را گسترش دهید ، سپس روی Step 1: Time Dependent کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات مربوط به زمان وابسته ، قسمت تنظیمات مطالعه را پیدا کنید . |
3 | از لیست واحد زمان ، h را انتخاب کنید . |
4 | در قسمت متن زمان خروجی ، محدوده 0 1/60 2/60 5/60 10/60 20/60 (0.5,0.25,16) را تایپ کنید . |
5 | در نوار ابزار صفحه اصلی ،  روی محاسبه کلیک کنید . |
نتایج
غلظت، d (tds)
به منظور مقایسه غلظت ها، متغیرهای غلظت حجمی را برای گونه های متصل به ماتریس ساکن در ماده زیستی تعریف کنید.
تعاریف (COMP2)
غلظت مواد زیستی
1 | در پنجره Model Builder ، در قسمت Component 2 (comp2) روی Definitions کلیک راست کرده و Variables را انتخاب کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای متغیرها ، قسمت انتخاب موجودیت هندسی را پیدا کنید . |
3 | از لیست سطح نهاد هندسی ، دامنه را انتخاب کنید . |
4 | فقط دامنه 2 را انتخاب کنید. |
5 | قسمت Variables را پیدا کنید . در جدول تنظیمات زیر را وارد کنید: |
نام | اصطلاح | واحد | شرح |
cmp | tds.csurf_mp*Ssa | mol/m³ | پپتید متصل به ماتریس، غلظت حجمی |
cmpd | tds.csurf_mpd*Ssa | mol/m³ | پپتید-دارو متصل به ماتریکس، غلظت حجمی |
6 | در قسمت نوشتار Label ، Biomaterial Concentrations را تایپ کنید . |
راه حل را برای استفاده از متغیرها هنگام ارزیابی نتایج به روز کنید.
مطالعه 2
در نوار ابزار مطالعه ، روی Update Solution کلیک کنید .
Update Solution کلیک کنید .نتایج
تمرکز، دارو
در پنجره Settings for 2D Plot Group ، Concentration, Drug را در قسمت نوشتار Label تایپ کنید .
غلظت، آنزیم
1 | در پنجره Model Builder ، در زیر Results روی Concentration، e (tds) کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گروه طرح دو بعدی ، Concentration، Enzyme را در قسمت نوشتار Label تایپ کنید. |
غلظت، پپتید
1 | در پنجره Model Builder ، در زیر Results روی Concentration، p (tds) کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گروه طرح دو بعدی ، Concentration, Peptide را در قسمت نوشتار برچسب تایپ کنید. |
غلظت، پپتید-دارو
1 | در پنجره Model Builder ، در زیر Results روی Concentration، PD (tds) کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گروه طرح دو بعدی ، Concentration، Peptide-Drug را در قسمت نوشتار برچسب تایپ کنید. |
تمرکز، e، 3D (tds)، تمرکز، p، 3D (tds)، تمرکز، pd، 3D (tds)
1 | در پنجره Model Builder ، در قسمت Results ، روی Ctrl کلیک کنید تا Concentration، e، 3D (tds) ، Concentration، p، 3D (tds) و Concentration، pd، 3D (tds) را انتخاب کنید . |
2 | کلیک راست کرده و Delete را انتخاب کنید . |
غلظت، پپتید
در زیر شکل 4 ایجاد شده است.
غلظت های توده ای، سه بعدی
1 | در پنجره Model Builder ، در بخش Results روی Concentration, d, 3D (tds) کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گروه طرح سه بعدی ، در قسمت نوشتار Label ، Bulk Concentrations، 3D را تایپ کنید . |
3 | قسمت Color Legend را پیدا کنید . تیک Show units را انتخاب کنید . |
4 | برای گسترش بخش Plot Array کلیک کنید . تیک گزینه Enable را انتخاب کنید . |
5 | از لیست شکل آرایه ، مربع را انتخاب کنید . |
6 | از فهرست صفحه آرایه ، yz را انتخاب کنید . |
7 | از فهرست سفارش ، ستون-میزان را انتخاب کنید . |
8 | در قسمت متنی padding ردیف نسبی ، -2 را تایپ کنید . |
9 | در قسمت متن padding ستون نسبی ، 0.5 را تایپ کنید . |
سطح 2
1 | در پنجره Model Builder ، گره Bulk Concentrations، 3D را گسترش دهید . |
2 | روی Results>Bulk Concentrations، 3D>Surface 1 کلیک راست کرده و Duplicate را انتخاب کنید . |
3 | در پنجره تنظیمات برای Surface ، بخش Expression را پیدا کنید . |
4 | در قسمت Expression text، ce را تایپ کنید . |
سطح 1، سطح 2
1 | در پنجره Model Builder ، در Results>Bulk Concentrations، 3D ، روی Ctrl کلیک کنید تا Surface 1 و Surface 2 را انتخاب کنید . |
2 | کلیک راست کرده و Duplicate را انتخاب کنید . |
سطح 3
1 | در پنجره تنظیمات برای Surface ، بخش Expression را پیدا کنید . |
2 | در قسمت Expression text، cp را تایپ کنید . |
سطح 4
1 | در پنجره Model Builder ، روی Surface 4 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Surface ، بخش Expression را پیدا کنید . |
3 | در قسمت Expression text، cpd را تایپ کنید . |
سطح 2
1 | در پنجره Model Builder ، روی Surface 2 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Surface ، بخش Coloring and Style را پیدا کنید . |
3 |  روی تغییر جدول رنگ کلیک کنید . |
4 | در کادر محاوره ای Color Table ، Linear>Viridis را در درخت انتخاب کنید. |
5 | روی OK کلیک کنید . |
غلظت های توده ای، سه بعدی
1 | در پنجره Model Builder ، روی Bulk Concentrations, 3D کلیک کنید . |
2 | در پنجره Settings for 3D Plot Group ، بخش Color Legend را پیدا کنید . |
3 | از لیست Position ، Right double را انتخاب کنید . |
انقلاب 2 بعدی 1
1 | در پنجره Model Builder ، گره Results>Datasets را گسترش دهید ، سپس روی Revolution 2D 1 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Revolution 2D ، برای گسترش بخش Revolution Layers کلیک کنید . |
3 | در قسمت متن زاویه شروع ، 45 را تایپ کنید . |
غلظت های توده ای، سه بعدی
1 | در پنجره Model Builder ، در بخش Results روی Bulk Concentrations, 3D کلیک کنید . |
2 | در پنجره Settings for 3D Plot Group ، بخش Data را پیدا کنید . |
3 | از لیست زمان (h) 1.5 را انتخاب کنید . |
4 | در نوار ابزار انبوه تمرکزها، 3D ، روی  Plot کلیک کنید . |
5 | برای گسترش بخش عنوان کلیک کنید . از لیست نوع عنوان ، هیچکدام را انتخاب کنید . |
حاشیه نویسی 1
1 | روی Bulk Concentrations، 3D کلیک راست کرده و Annotation را انتخاب کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای حاشیه نویسی ، بخش حاشیه نویسی را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن ، Drug را تایپ کنید . |
4 | قسمت Position را پیدا کنید . در قسمت متن Z ، 11 را تایپ کنید . |
5 | قسمت Coloring and Style را پیدا کنید . از لیست Anchor Point ، Lower middle را انتخاب کنید . |
6 | تیک Show point را پاک کنید . |
7 | برای گسترش بخش Plot Array کلیک کنید . کادر چک متعلق به آرایه را پاک کنید . |
8 | در نوار ابزار انبوه تمرکزها، 3D ، روی  Plot کلیک کنید . |
حاشیه نویسی 2
1 | روی Annotation 1 کلیک راست کرده و Duplicate را انتخاب کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای حاشیه نویسی ، بخش حاشیه نویسی را پیدا کنید . |
3 | در قسمت Text ، Enzyme را تایپ کنید . |
4 | قسمت Position را پیدا کنید . در قسمت متن Z ، -4 را تایپ کنید . |
حاشیه نویسی 1، حاشیه نویسی 2
1 | در پنجره Model Builder ، در Results>Bulk Concentrations، 3D ، روی Ctrl کلیک کنید تا Annotation 1 و Annotation 2 را انتخاب کنید . |
2 | کلیک راست کرده و Duplicate را انتخاب کنید . |
حاشیه نویسی 3
1 | در پنجره تنظیمات برای حاشیه نویسی ، بخش حاشیه نویسی را پیدا کنید . |
2 | در قسمت متن متن ، پپتید را تایپ کنید . |
3 | قسمت Position را پیدا کنید . در قسمت متن Y ، 18 را تایپ کنید . |
حاشیه نویسی 4
1 | در پنجره Model Builder ، روی Annotation 4 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای حاشیه نویسی ، بخش حاشیه نویسی را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن ، Peptide-Drug را تایپ کنید . |
4 | قسمت Position را پیدا کنید . در قسمت متن Y ، 18 را تایپ کنید . |
5 | در نوار ابزار انبوه تمرکزها، 3D ، روی  Plot کلیک کنید . |
6 |  روی دکمه Show Grid در نوار ابزار Graphics کلیک کنید . |
غلظت های توده ای، سه بعدی
1 | در پنجره Model Builder ، روی Bulk Concentrations, 3D کلیک راست کرده و Move Down را انتخاب کنید . |
2 | روی Bulk Concentrations، 3D کلیک راست کرده و Move Down را انتخاب کنید . |
3 | روی Bulk Concentrations، 3D کلیک راست کرده و Move Down را انتخاب کنید . |
غلظت ماتریس، سه بعدی
1 | روی Bulk Concentrations، 3D کلیک راست کرده و Duplicate را انتخاب کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گروه طرح سه بعدی ، غلظت های ماتریس، 3D را در قسمت نوشتار برچسب تایپ کنید. |
3 | قسمت Plot Array را پیدا کنید . از لیست شکل آرایه ، خطی را انتخاب کنید . |
4 | از لیست محور آرایه ، z را انتخاب کنید . |
5 | در قسمت متنی Relative padding ، -2.5 را تایپ کنید . |
6 | در پنجره Model Builder ، گره سه بعدی Matrix Concentrations را گسترش دهید . |
حاشیه نویسی 3، حاشیه 4، سطح 3، سطح 4
1 | در پنجره Model Builder ، در Results>Matrix Concentrations، 3D ، روی Ctrl کلیک کنید تا Surface 3 ، Surface 4 ، Annotation 3 و Annotation 4 را انتخاب کنید . |
2 | کلیک راست کرده و Delete را انتخاب کنید . |
سطح 1
1 | در پنجره Model Builder ، در بخش Results>Matrix Concentrations، روی Surface 1 سه بعدی کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Surface ، بخش Expression را پیدا کنید . |
3 | در قسمت Expression text عبارت cmp را تایپ کنید . |
4 | قسمت Coloring and Style را پیدا کنید .  روی تغییر جدول رنگ کلیک کنید . |
5 | در کادر محاوره ای جدول رنگ ، Wave>Wave را در درخت انتخاب کنید. |
6 | روی OK کلیک کنید . |
سطح 2
1 | در پنجره Model Builder ، روی Surface 2 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Surface ، بخش Expression را پیدا کنید . |
3 | در قسمت Expression text عبارت cmpd را تایپ کنید . |
4 | قسمت Coloring and Style را پیدا کنید .  روی تغییر جدول رنگ کلیک کنید . |
5 | در کادر محاوره ای جدول رنگ ، Wave>Wave را در درخت انتخاب کنید. |
6 | روی OK کلیک کنید . |
حاشیه نویسی 1
1 | در پنجره Model Builder ، روی Annotation 1 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای حاشیه نویسی ، بخش حاشیه نویسی را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن متن ، Matrix-Bound Peptide را تایپ کنید . |
حاشیه نویسی 2
1 | در پنجره Model Builder ، روی Annotation 2 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای حاشیه نویسی ، بخش حاشیه نویسی را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن ، Matrix-Bound Peptide-Drug را تایپ کنید . |
4 | در نوار ابزار Matrix Concentrations، 3D ، روی  Plot کلیک کنید . |
5 | قسمت Position را پیدا کنید . در قسمت متن Z ، -3 را تایپ کنید . |
6 | در نوار ابزار Matrix Concentrations، 3D ، روی  Plot کلیک کنید . |
پروفایل های غلظت در سراسر بخش های حوزه های مدل سازی، مانند شکل 5 و شکل 6 ، به مجموعه داده های خط برش نیاز دارند.
Cut Line 2D 1
1 | در نوار ابزار نتایج ، بر روی  Cut Line 2D کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Cut Line 2D ، بخش Line Data را پیدا کنید . |
3 | در ردیف 1 ، Z را روی 3 تنظیم کنید . |
4 | در ردیف 2 ، R را روی 6 تنظیم کنید . |
5 | در ردیف 2 ، Z را روی 3 تنظیم کنید . |
6 |  روی Plot کلیک کنید . |
Cut Line 2D 2
1 | بر روی Cut Line 2D 1 کلیک راست کرده و Duplicate را انتخاب کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای Cut Line 2D ، بخش Line Data را پیدا کنید . |
3 | در ردیف 1 ، R را روی 1 تنظیم کنید . |
4 | در ردیف 2 ، R را روی 3 تنظیم کنید . |
5 |  روی Plot کلیک کنید . |
گروه طرح 1 بعدی 10
1 | در نوار ابزار نتایج ، روی  1D Plot Group کلیک کنید . |
2 | در پنجره Settings for 1D Plot Group ، بخش Data را پیدا کنید . |
3 | از لیست Dataset ، Cut Line 2D 1 را انتخاب کنید . |
نمودار خطی 1
1 | روی 1D Plot Group 10 کلیک راست کرده و Line Graph را انتخاب کنید . |
شکل 5 را به دنبال این مراحل ایجاد کنید .
2 | در پنجره تنظیمات برای نمودار خط ، بخش y-Axis Data را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن Expression ، cpd+cd را تایپ کنید . |
4 | برای گسترش بخش Coloring and Style کلیک کنید . از لیست Width ، 2 را انتخاب کنید . |
5 | زیربخش نشانگرهای خط را پیدا کنید . از لیست نشانگر ، چرخه را انتخاب کنید . |
6 | از لیست موقعیت یابی ، Interpolated را انتخاب کنید . |
7 | در قسمت متن شماره ، 6 را تایپ کنید . |
غلظت کل دارو
1 | در پنجره Model Builder ، در بخش Results روی 1D Plot Group 10 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گروه طرح 1 بعدی ، غلظت کل دارو را در قسمت نوشتار برچسب تایپ کنید . |
3 | قسمت Data را پیدا کنید . از لیست انتخاب زمان ، Interpolated را انتخاب کنید . |
4 | در قسمت متن Times (h) محدوده 0 0.1 0.5 (1،1،8) را تایپ کنید . |
5 | قسمت عنوان را پیدا کنید . از لیست نوع عنوان ، دستی را انتخاب کنید . |
6 | در قسمت متن عنوان ، c<sub>drug</sub> + c<sub>peptide-drug</sub> را تایپ کنید . |
7 | قسمت Plot Settings را پیدا کنید . |
8 | کادر بررسی برچسب محور y را انتخاب کنید . در قسمت متن مرتبط، Concentration (mol/m<sup>3</sup>) را تایپ کنید . |
9 | در نوار ابزار غلظت کل دارو ، روی  Plot کلیک کنید . |
نمودار خطی 1
1 | در پنجره Model Builder ، روی Line Graph 1 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای نمودار خط ، برای گسترش بخش Legends کلیک کنید . |
3 | از لیست Legends ، ارزیابی شده را انتخاب کنید . |
4 | در قسمت متن Legend ، t = eval(t/3600) h را تایپ کنید . |
5 | در نوار ابزار غلظت کل دارو ، روی  Plot کلیک کنید . |
6 | تیک Show legends را انتخاب کنید . |
شکل 6 را به دنبال این مراحل ایجاد کنید .
غلظت کل دارو 1
روی Results>Total Drug Concentration>Line Graph 1 کلیک راست کرده و Duplicate را انتخاب کنید .
نمودار خطی 1
1 | در پنجره Model Builder ، گره Total Drug Concentration 1 را گسترش دهید ، سپس روی Line Graph 1 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای نمودار خط ، بخش y-Axis Data را پیدا کنید . |
3 | در قسمت متن Expression ، عبارت cmp+cmpd را تایپ کنید . |
غلظت کل ماتریس
1 | در پنجره Model Builder ، در قسمت Results روی غلظت کل دارو 1 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گروه طرح 1 بعدی ، غلظت کل ماتریس را در قسمت متن برچسب تایپ کنید . |
3 | قسمت عنوان را پیدا کنید . در قسمت متن عنوان ، c<sub>mp</sub> + c<sub>mpd</sub> را تایپ کنید . |
4 | در نوار ابزار تمرکز ماتریس کل ، روی  Plot کلیک کنید . |
اکنون از یک گروه ارزیابی برای محاسبه نحوه توزیع دارو در بین دامنه ها استفاده کنید.
گروه ارزشیابی 1
1 | در نوار ابزار نتایج ، روی  Evaluation Group کلیک کنید . |
چندین گره ادغام سطحی را برای تجسم غلظت در هر قسمت از دامنه ایجاد کنید. توجه داشته باشید که گونه های آزاد در بیومتریال باید در تخلخل ضرب شوند.
2 | در پنجره تنظیمات برای گروه ارزیابی ، بخش داده را پیدا کنید . |
3 | از لیست مجموعه داده ، مطالعه 2/راه حل 2 (sol2) را انتخاب کنید . |
یکپارچه سازی سطحی 1
1 | روی Evaluation Group 1 کلیک راست کرده و Integration>Surface Integration را انتخاب کنید . |
2 | فقط دامنه 2 را انتخاب کنید. |
3 | در پنجره Settings for Surface Integration ، بخش Expressions را پیدا کنید . |
4 | در جدول تنظیمات زیر را وارد کنید: |
اصطلاح | واحد | شرح |
(cd+cpd)*epsBio | مول | داروی رایگان در بیومتریال |
یکپارچه سازی سطحی 2
1 | روی Surface Integration 1 کلیک راست کرده و Duplicate را انتخاب کنید . |
2 | در پنجره Settings for Surface Integration ، بخش Expressions را پیدا کنید . |
3 | در جدول تنظیمات زیر را وارد کنید: |
اصطلاح | واحد | شرح |
cmpd | مول | داروی متصل به ماتریکس |
یکپارچه سازی سطحی 3
1 | در پنجره Model Builder ، روی Evaluation Group 1 کلیک راست کرده و Integration>Surface Integration را انتخاب کنید . |
2 | فقط دامنه 1 را انتخاب کنید. |
3 | در پنجره Settings for Surface Integration ، بخش Expressions را پیدا کنید . |
4 | در جدول تنظیمات زیر را وارد کنید: |
اصطلاح | واحد | شرح |
cd+cpd | مول | دارو در عصب |
یکپارچه سازی سطحی 4
1 | روی Evaluation Group 1 کلیک راست کرده و Integration>Surface Integration را انتخاب کنید . |
2 | فقط دامنه 3 را انتخاب کنید. |
3 | در پنجره Settings for Surface Integration ، بخش Expressions را پیدا کنید . |
4 | در جدول تنظیمات زیر را وارد کنید: |
اصطلاح | واحد | شرح |
cd+cpd | مول | مواد مخدر در اطراف |
گروه ارزشیابی 1
1 | در پنجره Model Builder ، روی Evaluation Group 1 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گروه ارزیابی ، بخش Transformation را پیدا کنید . |
3 | از لیست نوع Transformation ، General را انتخاب کنید . |
4 | در قسمت متنی سرصفحه ستون ، غلظت کل دارو را تایپ کنید . |
5 | در نوار ابزار Evaluation Group 1 ، روی  Evaluate کلیک کنید . |
6 | کادر Keep child nodes را انتخاب کنید . |
7 | در نوار ابزار Evaluation Group 1 ، روی  Evaluate کلیک کنید . |
جدول
1 | به پنجره Table بروید . |
2 | روی Table Graph در نوار ابزار پنجره کلیک کنید . |
نتایج
نمودار جدول 1
1 | در پنجره Model Builder ، در Results>1D Plot Group 12 ، روی Table Graph 1 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای نمودار جدول ، قسمت Coloring and Style را پیدا کنید . |
3 | از لیست Width ، 2 را انتخاب کنید . |
4 | برای گسترش بخش Legends کلیک کنید . تیک Show legends را انتخاب کنید . |
توزیع دارو
1 | در پنجره Model Builder ، روی 1D Plot Group 12 کلیک کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای گروه طرح 1 بعدی ، قسمت Legend را پیدا کنید . |
3 | از لیست موقعیت ، سمت راست میانی را انتخاب کنید . |
4 | در قسمت نوشتار برچسب ، توزیع دارو را تایپ کنید . |
5 | در نوار ابزار توزیع دارو ، روی  Plot کلیک کنید . |
مراحل زیر نشان می دهد که چگونه می توانید انیمیشن نتایج مدل خود را تنظیم کنید.
انیمیشن – تمرکز انبوه
1 | در نوار ابزار نتایج ، روی  انیمیشن کلیک کنید و Player را انتخاب کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات برای انیمیشن ، Animation – Bulk Concentrations را در قسمت نوشتار Label تایپ کنید . |
3 | قسمت Scene را پیدا کنید . از لیست موضوع ، تمرکزهای انبوه ، سه بعدی را انتخاب کنید . |
4 | قسمت ویرایش انیمیشن را پیدا کنید . از لیست انتخاب زمان ، Interpolated را انتخاب کنید . |
5 | در قسمت متن Times (h) range(0,0.5,16) را تایپ کنید . |
6 | قسمت Frames را پیدا کنید . از فهرست انتخاب فریم ، همه را انتخاب کنید . |
7 |  روی دکمه Play در نوار ابزار Graphics کلیک کنید . |
انیمیشن – غلظت ماتریس
1 | روی Animation – Bulk Concentrations کلیک راست کرده و Duplicate را انتخاب کنید . |
2 | در پنجره تنظیمات انیمیشن ، Animation – Matrix Concentrations را در قسمت نوشتار Label تایپ کنید . |
3 | قسمت Scene را پیدا کنید . از لیست موضوع ، غلظت ماتریس ، 3D را انتخاب کنید . |
4 |  روی دکمه Play در نوار ابزار Graphics کلیک کنید . |
