اگر از نسخه لینوکس با محیط دسکتاپ گرافیکی استفاده می کنید، ممکن است یک نماد COMSOL Multiphysics را پیدا کنید که می توانید به سادگی روی آن کلیک کنید تا COMSOL Multiphysics در منوها شروع شود. از طرف دیگر ، با استفاده از یک پنجره ترمینال، می توانید دستور comsol را اجرا کنید . اگر در دسترس نیست، از مدیر سیستم خود بخواهید آن را در دسترس شما قرار دهد، یا اگر در سیستم لینوکس خود دارای امتیازات مدیریتی هستید، دستور comsol را به مسیر جستجو اضافه کنید. راه اندازی می تواند این کار را به طور خودکار در حین نصب برای شما انجام دهد، اگر آن را با حقوق ریشه اجرا کنید. دستور comsol در پوشه bin در پوشه نصب COMSOL قرار دارد. این یک مثال معمولی از دستوری است که comsol را به مسیر جستجو اضافه می کند (با فرض اینکه به عنوان root وارد شده باشید):
