COMSOL Multiphysics از طریق توالی یابی عمل می کند و بیشتر گره های شاخه را در Model Builder از بالا به پایین به عنوان دنباله ای از عملیات ارزیابی می کند . با اضافه کردن گره‌ها به یک شاخه در Model Builder به ترتیب خاصی، دنباله‌ای از عملیات را تنظیم می‌کنید که به عنوان مثال، پارامتر یک مدل و اجرای مجدد شبیه‌سازی را ممکن می‌سازد. COMSOL Multiphysics سپس هر دنباله را مجدداً ارزیابی می‌کند و به‌طور خودکار هندسه، مش، رابط‌ها و ویژگی‌های فیزیک و راه‌حل را به‌روزرسانی می‌کند. به عنوان مثال، یک دنباله حل کننده می تواند مدل شما را با یک حل کننده تعریف کند و سپس با استفاده از راه حل برگشتی، آن را با یک حل کننده جایگزین حل کند.

برخی از گره‌های تحت یک شاخه واسط فیزیک می‌توانند گره‌های دیگری را که بالاتر از آن قرار دارند، لغو کنند. نحوه برخورد نرم افزار COMSOL Multiphysics با این گره ها بستگی به این دارد که آنها گره های کمک کننده یا انحصاری هستند (به Physics Exclusive و Contributing Node Types مراجعه کنید).

دنباله عملیات به این معنی است که ترتیب گره ها در درخت مهم است. در شاخه‌های زیر درخت مدل، ترتیب گره‌ها تفاوت ایجاد می‌کند و می‌توانید گره‌ها را به بالا و پایین حرکت دهید تا ترتیب عملیات این گره‌ها را تغییر دهید: هندسه، متریال، رابط‌ها و ویژگی‌های فیزیک، Mesh و حل‌کننده.