اجرای یک فایل مدل کامپایل شده برای جاوا از روی دسکتاپ از منوی File گزینه Open را انتخاب کنید . در کادر محاورهای Open ، در کنار فیلد نام فایل ، Compiled Model File for Java (*.class) را انتخاب کنید . روی Open کلیک کنید . فایل اجرا می شود و به عنوان مدل در دسکتاپ COMSOL ظاهر می شود.